Malta har vært bebodd siden ca. 5200 fvt. En betydelig neolittisk kultur utviklet seg på øyene før pyramidene i Egypt ble bygd, og tallrike minnesmerker fra denne kulturen finnes rundt omkring i landskapet.
Fønikerne koloniserte øyene ca. 1000 fvt, og brukte dem som utgangspunkt for videre ekspansjon i det vestlige Middelhavet.
Seinere kom øyene under byen Kartagos kontroll. Som følge av de puniske kriger overtok romerne i 218 fvt. Øyene blomstret under romersk herredømme, noe tallrike minnesmerker vitner om.
I år 60 evt led apostelen Paulus skipbrudd i St. Paul's Bay, og siden har kristendommen hatt fotfeste på Malta.
Da romerriket ble delt i 395 i Vest og Øst, fulgte Malta med i det østromerske, eller bysantinske riket. Trolig ble øyene også plyndret av de germanske vandalene en gang på 400-tallet.
I 870 ble øyene erobret av araberne. Araberne tolererte den kristne religionen, og innførte nytteplanter som sitrusfrukter og bomull. Det mest varige de etterlot er språket, som har mye arabisk i seg. De ble jaget ut av normannere fra Sicilia som ble jaget ut av franskmenn og i 1287 ble det en del av kongeriket Aragon(Spania). Øyene var sterkt utsatt for pirater på 1400- og 1500-tallet og innbyggerne ble solgt som slaver i arabiske land.
I 1530 fikk Johanitterordnen øyene fra Spania. Tempelridderne hadde da vært på "flukt" siden 1291. De ble jaget ut av Jerusalem og slo seg ned Kypros. De ble en kort periode der og forflyttet seg snart til Rhodos. De irriterte ottomanere slik at de måtte forlate Rhodos i 1523 etter å ha tapt krigen, men fikk forlate Rhodos med æren i behold. De fikk så Malta i 1530 av keiser Karl den 5 og med pavens velsignelse.
I 1565 ble Malta forsøkt erobret av tyrkerne, men til tross for stor overlegenhet klarte de ikke å knekke verken riddere eller innbyggere. Denne beleiringen er svært viktig i Malta sin historie.
Det var så rolig frem til 1798 da Napoleon ble nektet å komme i land på veien til Egypt og inntok da øya. Malteserne mislikte franskmennenes lunkne religiøse holdninger og brutale framferd mot kirken og ridderne, slik at innbyggerne gjorde opprør(monument) med hjelp av britene. Britene, som er eksperter på splitt og hersk taktikk, benyttet seg av sjansen og hjalp opprørne med våpen og etter to år måtte franskmennene gi opp. I 1814 ble så Malta en del av det Britiske imperium etter avtale ved Freden i Paris. Det var dette året at også Norge ble alliert med Sverige. Maltserne kvittet seg også med tempelridderne som hadde blitt dekadente de siste tiårene.
Britene hadde stor nytte av Malta og hadde store flåtehavner her frem til 1930 da nærheten til det fascistiske Italia ble for risikabelt slik at Egypt ble den største basen.
Under Den Andre Verdenskrigen ble byene på Malta sterkt bombet av tyskere og italienere. Forsyningssituasjonen var desperat i 1942 da Malta lå midt mellom Sicilia, Tunis og Libya som var i aksemaktenes hender. Det å seile med konvoi til Malta var selvmordsoppdrag. Uten konvoiene hadde Malta gått tom for alt som trengtes til å forsvare øya. SS Ohio fra konvoien "Pedestal" kunne knapt flyte da den kom til land den 15.august 1942 etter å ha blitt angrepet av tyskere og italierne. Skipet minnes den dag i dag på Malta som en livredder.
I 1964 ble Malta selvstendig med en generalguvernør og dronningen som statsoverhode. I 1974 ble Malta en selvstendig republikk med egen president. I 2004 ble Malta med i EU og Euro ble innført i 2008.